Im Film "Naruto Movie 2: Legend of the Stone of Gelel" reist Naruto Uzumaki zusammen mit Shikamaru Nara und Sakura Haruno auf einer Mission, um ein verlorenes Ferkel zurückzubringen. Während der Mission werden sie von einem riesigen, mysteriösen Heer angegriffen, das von einem Mann namens Temujin angeführt wird. Bei dem Angriff werden die drei Ninja getrennt, und Naruto findet sich in einer Wüste wieder, wo er auf einen alten Mann namens Kahiko und dessen Enkelin Shizuka trifft. Sie gehören zu einem Stamm, der von Temujins Armee bedroht wird.

Temujin, ein ehemaliger Krieger, der von einem mächtigen Artefakt namens Gelel-Stein kontrolliert wird, strebt danach, eine neue Weltordnung zu schaffen. Der Gelel-Stein verleiht ihm immense Kräfte, aber er ist auch der Schlüssel zu einer uralten Zivilisation, die vor langer Zeit untergegangen ist. Naruto erfährt, dass der Stein sowohl zerstörerische als auch heilende Kräfte besitzt und dass Temujins Pläne die Welt in Gefahr bringen könnten.

Währenddessen versuchen Shikamaru und Sakura, Naruto zu finden, und stoßen auf Gaara, den Kazekage des Sanddorfs, der ebenfalls in den Konflikt verwickelt ist. Gaara schließt sich ihnen an, um Temujins Armee zu stoppen. Naruto, der sich mit Kahiko und Shizuka verbündet hat, erfährt mehr über die Geschichte des Gelel-Steins und die Tragödie, die die alte Zivilisation heimgesucht hat. Er beschließt, Temujin zu konfrontieren und den Stein zu zerstören, um eine weitere Katastrophe zu verhindern.

Im finalen Kampf stehen sich Naruto und Temujin gegenüber. Naruto nutzt seine Entschlossenheit und seine Ninja-Fähigkeiten, um Temujins Pläne zu durchkreuzen. Dabei zeigt sich, dass Temujin selbst ein Opfer des Gelel-Steins ist und von dessen Macht korrumpiert wurde. Naruto gelingt es schließlich, Temujin zu besiegen und den Stein zu zerstören, wodurch die Bedrohung für die Welt abgewendet wird. Am Ende kehren Naruto, Shikamaru und Sakura in ihr Dorf zurück, während Temujin, befreit von der Kontrolle des Steins, Frieden findet.