In "Naruto Shippūden: The Lost Tower" reist Naruto Uzumaki im Auftrag des Fünften Hokage, Tsunade, in das Land Rōran, um den verschwundenen Ninja Mukade zu finden. Während der Mission stößt Naruto auf eine mysteriöse Ruine, die eine Verbindung zur Vergangenheit herstellt. Durch die Aktivierung eines alten Seals wird Naruto zusammen mit seinem Teamkollegen Yamato in die Vergangenheit katapultiert, genau 20 Jahre vor die aktuelle Zeitlinie.

In der Vergangenheit trifft Naruto auf den Vierten Hokage, Minato Namikaze, der zu diesem Zeitpunkt noch ein junger Ninja ist. Minato und sein Team, bestehend aus Kakashi Hatake, Rin Nohara und Obito Uchiha, sind ebenfalls in Rōran unterwegs, um die Bedrohung durch die Königin des Landes, Sara, zu untersuchen. Sara, die von einem bösen Wesen namens Anrokuzan kontrolliert wird, plant, die Energie des Landes zu nutzen, um eine mächtige Waffe zu erschaffen, die die Welt bedrohen könnte.

Naruto und Yamato schließen sich Minatos Team an, um Sara zu stoppen. Dabei entwickelt Naruto eine enge Bindung zu Sara, die trotz ihrer Manipulation durch Anrokuzan ein gutes Herz besitzt. Naruto versucht, sie davon zu überzeugen, ihren eigenen Weg zu wählen und sich nicht von Anrokuzan beherrschen zu lassen. Gleichzeitig kämpft das Team gegen die von Anrokuzan kontrollierten Kräfte, während sie versuchen, den Seal zu reparieren, der Naruto und Yamato zurück in ihre eigene Zeit bringen soll.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass die Ereignisse in der Vergangenheit einen direkten Einfluss auf die Zukunft haben. Naruto lernt mehr über die Werte und Prinzipien, die ihn als Ninja prägen, und erhält Einblicke in das Leben seines Vaters, den er nie kennengelernt hat. Der Film verbindet Action, emotionale Momente und die typischen Themen von "Naruto", wie Freundschaft, Entschlossenheit und die Suche nach dem eigenen Weg.

Am Ende gelingt es Naruto und Yamato, Sara von Anrokuzans Einfluss zu befreien und die Bedrohung für Rōran zu beseitigen. Mit Hilfe des Seals kehren sie in ihre eigene Zeit zurück, wobei Naruto die Erinnerungen an seine Begegnung mit seinem Vater und die Lehren aus dieser Erfahrung mitnimmt. Der Film bietet eine in sich abgeschlossene Geschichte, die dennoch die zentralen Themen und Charakterentwicklungen der "Naruto"-Reihe widerspiegelt.