"Lupin III: Island of Assassins" ist ein TV-Special, das den berühmten Meisterdieb Arsène Lupin III und seine Gefährten in ein neues Abenteuer stürzt. Die Handlung beginnt, als Lupin von einer mysteriösen Frau namens Miranda kontaktiert wird, die ihn bittet, sie auf eine abgelegene Insel zu begleiten. Diese Insel, bekannt als die "Insel der Attentäter", ist ein gefährlicher Ort, der von einer Organisation namens "Schwarze Lotos" kontrolliert wird. Diese Gruppe besteht aus hochqualifizierten Auftragskillern, die für ihre tödliche Effizienz berüchtigt sind.

Miranda behauptet, dass sie auf der Insel ein wertvolles Artefakt versteckt hat, das Lupin stehlen soll. Allerdings stellt sich schnell heraus, dass sie ihre eigenen Absichten hat und Lupin in eine Falle lockt. Die Insel ist nicht nur ein Versteck für die Attentäter, sondern auch ein Ort, an dem ein gefährliches Experiment durchgeführt wird: die Schaffung eines perfekten Killers durch genetische Manipulation. Lupin und seine Crew, darunter der scharfschützende Jigen, der Samurai Goemon und die attraktive, aber tödliche Fujiko Mine, müssen sich gegen die tödlichen Mitglieder des Schwarzen Lotos behaupten, um zu überleben und das Geheimnis der Insel zu lüften.

Während des Abenteuers enthüllt sich, dass Miranda selbst ein Produkt des Experiments ist und versucht, ihre Vergangenheit zu überwinden. Lupin, der sich oft als charmant und egoistisch präsentiert, zeigt in dieser Geschichte eine tiefere Seite, indem er Miranda hilft, ihre Freiheit zu erlangen. Die Handlung ist geprägt von actionreichen Verfolgungsjagden, cleveren Diebstählen und den charakteristischen humorvollen Momenten, die die Lupin-III-Reihe auszeichnen. Am Ende gelingt es Lupin und seinen Freunden, die Pläne des Schwarzen Lotos zu vereiteln und die Insel zu verlassen, wobei sie jedoch die Spuren ihrer Anwesenheit verwischen, um weiterhin im Schatten zu agieren.