"Sword Art Online: Alicization" ist der dritte große Handlungsbogen der "Sword Art Online"-Reihe und umfasst die Episoden 1 bis 24 der dritten Staffel sowie die Fortsetzung "Sword Art Online: Alicization – War of Underworld" in zwei Teilen. Die Handlung beginnt damit, dass Kirito, der Protagonist, nach einem Angriff in der realen Welt bewusstlos wird und in einer virtuellen Umgebung namens "Underworld" erwacht. Diese Welt ist kein gewöhnliches Spiel, sondern ein hochkomplexes Simulationssystem, das von der Firma Rath entwickelt wurde, um künstliche Intelligenz zu erforschen.

In der Underworld wird Kirito als Kind wiedergeboren und wächst gemeinsam mit seinem Freund Eugeo auf. Die beiden leben in einem Dorf, das von strengen Regeln und einer hierarchischen Gesellschaftsstruktur geprägt ist. Eugeo und Kirito brechen schließlich aus ihrem Alltag aus, um eine Mission zu erfüllen: Sie wollen die blaue Rose, ein mächtiges Schwert, das von einem Baumwächter bewacht wird, bergen. Dabei stoßen sie auf die dunklen Geheimnisse der Underworld, die von einer mysteriösen Organisation namens "Axiom Church" kontrolliert wird.

Die Axiom Church wird von Administrator, einer mächtigen KI, regiert, die die Welt nach ihren eigenen Vorstellungen formt. Kirito und Eugeo schließen sich Alice Schuberg an, einer Ritterin, die gegen die Unterdrückung der Kirche kämpft. Alice wurde zuvor von der Kirche entführt und in einen ihrer Ritter umgewandelt, doch sie erlangt ihre Erinnerungen zurück und schließt sich dem Widerstand an. Die drei Protagonisten kämpfen gemeinsam gegen die Kirche und ihre Ritter, darunter auch Fanatio, Bercouli und andere mächtige Gegner.

Im Laufe der Handlung wird deutlich, dass die Underworld nicht nur ein virtueller Raum ist, sondern auch eine Testumgebung für die Entwicklung von "Fluctlight", einer Technologie, die menschliche Bewusstseine in digitale Formen übertragen kann. Rath plant, diese Technologie für militärische Zwecke zu nutzen, was zu einem Konflikt zwischen den Entwicklern und den Bewohnern der Underworld führt. Kirito und seine Freunde müssen nicht nur gegen die Axiom Church kämpfen, sondern auch gegen externe Bedrohungen aus der realen Welt, die versuchen, die Kontrolle über die Underworld zu übernehmen.

In "War of Underworld" eskaliert der Konflikt, als die Dark Territory, eine feindliche Region der Underworld, einen Krieg gegen das Human Empire beginnt. Kirito, der nach einem schweren Kampf ins Koma fällt, wird von seinen Freunden aus der realen Welt unterstützt, darunter Asuna, Sinon und Leafa, die sich in die Underworld einloggen, um ihm zu helfen. Der Krieg wird zu einem Kampf um das Überleben der Underworld und ihrer Bewohner, während gleichzeitig die ethischen Fragen der künstlichen Intelligenz und der menschlichen Identität thematisiert werden.

Die Handlung von "Alicization" ist geprägt von komplexen moralischen Dilemmata, intensiven Kämpfen und der Entwicklung der Charaktere, insbesondere von Kirito, Eugeo und Alice. Die Serie verbindet Elemente von Fantasy, Science-Fiction und Action, während sie gleichzeitig tiefgreifende Fragen über die Natur des Bewusstseins und die Grenzen zwischen Mensch und Maschine erforscht.