".hack//Legend of the Twilight" spielt in der virtuellen Welt von "The World", einem beliebten Online-Rollenspiel. Die Handlung beginnt mit den Zwillingen Shugo und Rena, die durch einen Gewinn eines Wettbewerbs die seltenen Charaktere "Kite" und "BlackRose" erhalten. Diese Avatare sind legendär, da sie mit der Rettung von "The World" in der Vergangenheit in Verbindung gebracht werden. Die Geschwister tauchen in das Spiel ein, um gemeinsam Abenteuer zu erleben, doch schnell wird klar, dass ihre neuen Charaktere mehr als nur ein einfacher Gewinn sind.

Shugo und Rena begegnen einem mysteriösen Mädchen namens Aura, das in der virtuellen Welt gefangen zu sein scheint. Aura bittet die Zwillinge um Hilfe, da sie von einer dunklen Bedrohung verfolgt wird. Im Laufe der Geschichte stoßen Shugo und Rena auf verschiedene Herausforderungen, darunter gefährliche Monster, rätselhafte NPCs und andere Spieler, die ihre eigenen Ziele verfolgen. Sie lernen auch die Bedeutung von Freundschaft und Zusammenarbeit, während sie versuchen, das Geheimnis um Aura und die Bedrohung für "The World" zu lösen.

Die Handlung verbindet Elemente von Abenteuer, Fantasy und Mystery, wobei die Charaktere sowohl in der virtuellen Welt als auch in der realen Welt interagieren. Shugo entwickelt sich von einem unerfahrenen Spieler zu einem verantwortungsbewussten Anführer, während Rena oft für den humorvollen und lebhaften Aspekt der Geschichte sorgt. Neben den Hauptfiguren gibt es eine Reihe von Nebencharakteren, die die Handlung bereichern, darunter Mireille, eine erfahrene Spielerin, die den Zwillingen hilft, und Balmung, ein mächtiger Spieler, der eine wichtige Rolle in der Geschichte spielt.

Die Handlung von ".hack//Legend of the Twilight" ist eng mit dem größeren ".hack"-Universum verbunden, wobei Elemente aus früheren Werken der Serie aufgegriffen und weiterentwickelt werden. Die Geschichte bleibt jedoch eigenständig und bietet sowohl neuen als auch erfahrenen Fans der Serie eine zugängliche und unterhaltsame Erzählung.