In "Pokémon Heroes - Latias & Latios" reisen Ash, Misty und Brock nach Altomare, einer malerischen Stadt, die von Kanälen durchzogen ist und an Venedig erinnert. Die Stadt wird von den legendären Pokémon Latias und Latios beschützt, die mit Hilfe eines mysteriösen Artefakts, der Seelenkugel, die Stadt vor Bedrohungen bewahren. Latias kann sich in ein menschliches Mädchen verwandeln und freundet sich mit Ash an, während Latios eher zurückhaltend und wachsam bleibt.

Die Handlung nimmt Fahrt auf, als das böse Duo Annie und Oakley versucht, die Seelenkugel zu stehlen, um die Macht von Latios und Latias für ihre eigenen Zwecke zu missbrauchen. Die beiden Schurken setzen eine Reihe von Fallen und Angriffen in der Stadt in Gang, was zu einer Eskalation der Ereignisse führt. Ash und seine Freunde arbeiten mit Latias und Latios zusammen, um die Seelenkugel zu schützen und die Stadt vor der Zerstörung zu bewahren.

Im Verlauf des Films wird die enge Bindung zwischen Latias und Latios deutlich, die nicht nur Geschwister, sondern auch Beschützer von Altomare sind. Latios opfert sich schließlich, um die Stadt vor einer gewaltigen Flutwelle zu retten, die durch die Manipulation der Seelenkugel ausgelöst wurde. Dieses Opfer führt dazu, dass eine neue Seelenkugel entsteht, die die Stadt weiterhin schützt. Latias bleibt zurück und übernimmt die Rolle des Beschützers, während Ash und seine Freunde ihre Reise fortsetzen.

Der Film kombiniert Action, Emotionen und die typischen Elemente der Pokémon-Welt, wobei die legendären Pokémon Latias und Latios im Mittelpunkt stehen. Die Geschichte betont Themen wie Freundschaft, Opferbereitschaft und den Schutz der Natur, während Ash und seine Begleiter erneut ihre Fähigkeiten unter Beweis stellen, um das Gleichgewicht in der Welt der Pokémon zu bewahren.