"Turn A Gundam" spielt in einer fernen Zukunft, in der die Menschheit nach einer langen Periode des technologischen Niedergangs und der Zerstörung in zwei getrennte Zivilisationen gespalten ist: die Erde und den Mond. Die Mondbewohner, bekannt als "Mondrianer", planen eine Rückkehr zur Erde, um ihre verlorene Heimat zurückzuerobern. Die Handlung beginnt in der friedlichen Region Inglessa auf der Erde, wo die junge Mechanikerin Loran Cehack lebt. Loran ist jedoch in Wirklichkeit ein Spion der Mondrianer, der Jahre zuvor auf die Erde geschickt wurde, um die Situation zu erkunden.

Als die Mondrianer ihre Invasion starten, wird Loran in einen Konflikt zwischen den beiden Zivilisationen gezogen. Er entdeckt den "Turn A Gundam", einen uralten und mächtigen Mobile Suit, der in einem Berg versteckt ist. Loran beschließt, den Turn A Gundam zu nutzen, um die Erde zu schützen, obwohl er eigentlich im Auftrag der Mondrianer handelt. Seine Entscheidung führt zu einer komplexen Dynamik, in der er zwischen seiner Loyalität zu den Mondrianern und seinem Mitgefühl für die Erdbewohner hin- und hergerissen ist.

Die Hauptfiguren umfassen neben Loran auch Dianna Soreil, die Königin der Mondrianer, die eine friedliche Lösung anstrebt, und Kihel Heim, eine junge Frau von der Erde, die aufgrund ihrer Ähnlichkeit mit Dianna in politische Intrigen verwickelt wird. Weitere wichtige Charaktere sind Harry Ord, ein loyaler Mondrianer-Soldat, und Sochie Heim, Kihels impulsive Schwester, die eine Rivalität mit Loran entwickelt.

Die Handlung entwickelt sich zu einem epischen Konflikt, der nicht nur Kämpfe zwischen den beiden Zivilisationen, sondern auch politische Manöver, persönliche Tragödien und die Suche nach einer friedlichen Koexistenz umfasst. Im Laufe der Serie werden die wahren Ursprünge des Turn A Gundam und die Geschichte der Menschheit enthüllt, die von Zyklen der Zerstörung und des Wiederaufbaus geprägt ist. Die Charaktere müssen sich mit den Konsequenzen ihrer Handlungen auseinandersetzen und Wege finden, die Vergangenheit zu überwinden, um eine bessere Zukunft zu schaffen.