"Gundam Seed Destiny" ist eine Fortsetzung der Anime-Serie "Mobile Suit Gundam Seed" und spielt in der Cosmic Era-Zeitlinie. Die Handlung beginnt zwei Jahre nach dem Ende des vorherigen Krieges zwischen der Erde und den koordinierten Kolonien, bekannt als PLANTs. Die Welt befindet sich in einem fragilen Frieden, der jedoch durch politische Spannungen und neue Konflikte bedroht ist.

Die Geschichte konzentriert sich auf Shinn Asuka, einen jungen Soldaten der ZAFT-Streitkräfte, der durch den Verlust seiner Familie im vorherigen Krieg tief traumatisiert ist. Shinn wird Pilot des neuen Mobile Suits "Impulse Gundam" und kämpft für die ZAFT, die von der charismatischen, aber zunehmend radikalen Führerin Gilbert Durandal geleitet wird. Durandal verfolgt das Ziel, eine neue Weltordnung zu schaffen, die er als "Destiny Plan" bezeichnet, um Konflikte und Ungleichheit zu beseitigen.

Auf der anderen Seite steht die Orb Union, eine neutrale Nation, die von Cagalli Yula Athha regiert wird. Cagalli, eine ehemalige Protagonistin aus "Gundam Seed," versucht, den Frieden zu bewahren, gerät jedoch in Konflikt mit den wachsenden Spannungen zwischen der Erde und den PLANTs. Ihr ehemaliger Verbündeter, Kira Yamato, der ebenfalls aus der Vorgängerserie bekannt ist, kehrt zurück, um gegen die Eskalation des Konflikts zu kämpfen. Kira pilotiert den "Strike Freedom Gundam" und wird erneut zu einer Schlüsselfigur im Kampf gegen die ZAFT.

Die Handlung entwickelt sich zu einem komplexen Netz aus politischen Intrigen, persönlichen Rivalitäten und militärischen Auseinandersetzungen. Shinns Loyalität zu ZAFT wird auf die Probe gestellt, als er beginnt, die wahren Absichten von Durandals "Destiny Plan" zu hinterfragen. Gleichzeitig wird die Beziehung zwischen Kira und Athrun Zala, einem weiteren ehemaligen Protagonisten, der nun auf Seiten der ZAFT kämpft, erneut auf die Probe gestellt. Athrun, der zwischen seinen Pflichten und seinen moralischen Überzeugungen hin- und hergerissen ist, spielt eine zentrale Rolle bei der Entwicklung der Ereignisse.

Der Konflikt eskaliert, als die ZAFT eine Reihe von Angriffen auf die Erde startet, um ihre Dominanz zu festigen. Die Orb Union und ihre Verbündeten, darunter Kira und seine Freunde, stellen sich den ZAFT-Streitkräften entgegen. Die Schlachten werden immer intensiver, und die Charaktere müssen sich mit ihren eigenen Überzeugungen und den Konsequenzen ihrer Handlungen auseinandersetzen.

Am Ende der Serie kommt es zu einer entscheidenden Konfrontation zwischen den verschiedenen Fraktionen, bei der die Zukunft der Menschheit auf dem Spiel steht. Die Charaktere müssen sich zwischen persönlichen Rachegefühlen, politischen Idealen und dem Streben nach Frieden entscheiden. Die Handlung endet mit einem offenen Ausblick auf die Zukunft, der sowohl Hoffnung als auch Unsicherheit birgt.