"Mobile Suit Zeta Gundam" ist eine direkte Fortsetzung der Ereignisse aus "Mobile Suit Gundam" und spielt sieben Jahre nach dem Ende des One Year War. Die Erde wird nun von der Titans, einer militaristischen Fraktion der Earth Federation, kontrolliert, die mit brutalen Methoden gegen Spacenoid-Rebellen vorgeht. Die Anti-Earth Union Group (AEUG), eine Widerstandsbewegung, die gegen die Unterdrückung der Spacenoids kämpft, bildet den Gegenpol zu den Titans.

Der Protagonist Kamille Bidan, ein junger und impulsiver Spacenoid, gerät in den Konflikt, als er sich gegen die Titans auflehnt, nachdem diese seine Eltern bedroht haben. Kamille schließt sich der AEUG an und wird Pilot des Prototyp-Mobile Suits Zeta Gundam. Im Laufe der Serie entwickelt er sich vom emotionalen Teenager zu einem erfahrenen und verantwortungsbewussten Soldaten. Neben Kamille spielen Charaktere wie Quattro Bajeena, der sich später als der legendäre Char Aznable aus dem One Year War entpuppt, und die toughe Pilotin Emma Sheen eine zentrale Rolle. Auch die junge Wissenschaftlerin Fa Yuiry und der ehemalige Titan-Pilot Jerid Messa tragen zur komplexen Dynamik der Geschichte bei.

Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, moralischen Dilemmata und den Auswirkungen des Krieges auf Individuen und Gesellschaft. Die AEUG kämpft nicht nur gegen die Titans, sondern auch gegen die aufkeimende Bedrohung durch die Axis-Zeon, eine Fraktion von Überlebenden des alten Zeon-Regimes. Die Serie thematisiert die Grausamkeit des Krieges, die Manipulation durch Machthaber und die Suche nach Identität in einer von Konflikten zerrissenen Welt. Die Charaktere sind vielschichtig, und ihre Motivationen und Beziehungen zueinander tragen zur emotionalen Tiefe der Geschichte bei.

"Mobile Suit Zeta Gundam" ist bekannt für seine düstere und ernsthafte Erzählweise, die sich deutlich vom optimistischeren Ton des Vorgängers unterscheidet. Die Serie endet mit einem bittersüßen Finale, das die Konsequenzen des Krieges für die Überlebenden und die Zukunft der Menschheit reflektiert.