"Mobile Suit Gundam F91" ist eine Manga-Serie, die auf dem gleichnamigen Anime-Film basiert und im Universal Century-Zeitalter der Gundam-Reihe angesiedelt ist. Die Handlung spielt im Jahr 0123 des Universal Century, etwa 30 Jahre nach den Ereignissen des Ersten Neo-Zeon-Kriegs. Die Geschichte konzentriert sich auf den Konflikt zwischen der Erde und der Raumkolonie Frontier Side, die von der militaristischen Gruppe Crossbone Vanguard bedroht wird.

Der Protagonist der Serie ist Seabook Arno, ein junger Student an der Frontier IV-College. Seabook wird unerwartet in den Konflikt hineingezogen, als die Crossbone Vanguard die Kolonie angreift. Dabei trifft er auf Cecily Fairchild, eine Freundin aus seiner Kindheit, die jedoch nun als Berah Ronah, die Tochter des Anführers der Crossbone Vanguard, Meitzer Ronah, auftritt. Die Crossbone Vanguard verfolgt das Ziel, eine aristokratische Herrschaft über die Erde und die Kolonien zu errichten, und setzt dabei fortschrittliche Mobile Suits wie den XM-01 Den'an Zon ein.

Seabook wird gezwungen, den Prototyp des Gundam F91 zu steuern, einen hochmodernen Mobile Suit, der von seiner Mutter entwickelt wurde. Der Gundam F91 ist mit fortschrittlicher Technologie ausgestattet, darunter das Bio-Computer-System und die VSBR-Waffen, die ihn zu einem der stärksten Mobile Suits seiner Zeit machen. Während des Konflikts muss Seabook nicht nur gegen die Crossbone Vanguard kämpfen, sondern auch mit den emotionalen Herausforderungen umgehen, die durch Cecilys Rolle in der gegnerischen Fraktion entstehen.

Die Handlung thematisiert die Auswirkungen von Krieg und politischen Machtkämpfen auf Individuen und Gesellschaften. Seabooks Entwicklung vom unerfahrenen Studenten zum erfahrenen Piloten steht im Mittelpunkt, während gleichzeitig die moralischen Dilemmata und persönlichen Konflikte der Charaktere beleuchtet werden. Die Crossbone Vanguard, angeführt von Meitzer Ronah, verkörpert eine elitär-aristokratische Ideologie, die im Kontrast zu den demokratischen Werten der Erde steht.

Die Manga-Serie vertieft die Charaktere und Ereignisse des Films und bietet zusätzliche Einblicke in die Hintergründe und Motivationen der Figuren. Sie bleibt dabei den zentralen Themen der Gundam-Reihe treu, wie den Auswirkungen von Krieg, der Rolle von Technologie und den menschlichen Beziehungen in Zeiten des Konflikts.