"Mobile Suit Gundam Wing: Endless Waltz (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen OVA-Anime und spielt ein Jahr nach den Ereignissen des ursprünglichen "Mobile Suit Gundam Wing". Die Handlung dreht sich um die Konflikte in einer postkolonialen Ära, in der die Erde von der United Earth Sphere Alliance regiert wird. Die fünf Gundam-Piloten – Heero Yuy, Duo Maxwell, Trowa Barton, Quatre Raberba Winner und Chang Wufei – haben ihre mobilen Suits in die Sonne geschossen, um Frieden zu sichern. Doch die Ruhe ist trügerisch, da eine neue Bedrohung in Form der Mariemaia Army auftaucht, einer von der ehemaligen OZ-Offizierin Lady Une geführten Gruppe, die die Welt erneut in einen Krieg stürzen will.

Die Mariemaia Army entführt Relena Peacecraft, eine Schlüsselfigur im Friedensprozess, und nutzt sie als politisches Werkzeug, um ihre Ziele durchzusetzen. Die Gundam-Piloten sehen sich gezwungen, erneut in den Kampf einzugreifen, um die Pläne der Mariemaia Army zu vereiteln. Dabei müssen sie nicht nur gegen äußere Feinde kämpfen, sondern auch mit ihren eigenen inneren Konflikten und der Frage, ob Gewalt jemals ein Mittel zur Erlangung von Frieden sein kann.

Heero Yuy, der Protagonist, steht im Mittelpunkt der Handlung und ringt mit seiner Rolle als Krieger und seinem Wunsch nach einem friedlichen Leben. Duo Maxwell, bekannt für seinen humorvollen und optimistischen Charakter, unterstützt die Gruppe mit seiner Entschlossenheit. Trowa Barton und Quatre Raberba Winner, die beide tiefe emotionale Bindungen zu ihren Mitstreitern haben, spielen eine entscheidende Rolle bei der Verteidigung des Friedens. Chang Wufei, der von Ehre und Tradition geprägt ist, stellt seine Prinzipien in Frage, als er mit den moralischen Dilemmata des Krieges konfrontiert wird.

Die Handlung erforscht Themen wie die Zyklen von Krieg und Frieden, die moralischen Grauzonen des Kampfes und die persönlichen Opfer, die für eine bessere Zukunft gebracht werden müssen. Die Charaktere entwickeln sich weiter, während sie sich mit ihrer Vergangenheit auseinandersetzen und versuchen, eine Welt zu schaffen, in der ihre mobilen Suits nicht mehr benötigt werden. Die Geschichte endet mit einem hoffnungsvollen Blick in die Zukunft, in der die Möglichkeit eines dauerhaften Friedens trotz aller Herausforderungen bestehen bleibt.