"After War Gundam X (Manga)" spielt in einer postapokalyptischen Welt, die durch einen verheerenden Krieg zwischen der Erde und den Kolonien im All zerstört wurde. Dieser Konflikt, bekannt als der "7. Raumkrieg", führte zur Zerstörung großer Teile der Erde und zum Zusammenbruch der menschlichen Zivilisation. Die Überlebenden leben in einer Welt, die von Chaos und Instabilität geprägt ist, während alte Technologien und Waffen aus dem Krieg verstreut und oft umkämpft sind.

Die Handlung konzentriert sich auf Garrod Ran, einen jungen, aber erfahrenen Piloten, der als Söldner arbeitet. Garrod stößt auf Tiffa Adill, ein junges Mädchen mit Newtype-Fähigkeiten, die sie zu einer wertvollen Ressource in der postapokalyptischen Welt machen. Newtypes sind Menschen mit übernatürlichen Fähigkeiten, die oft als Schlüssel zur Kontrolle mächtiger Waffen wie der mobilen Suits angesehen werden. Tiffa wird von der paramilitärischen Gruppe "Frost Brothers" verfolgt, die ihre Fähigkeiten für ihre eigenen Zwecke nutzen wollen. Garrod beschließt, Tiffa zu beschützen, und stiehlt dabei den Gundam X, einen der letzten verbliebenen mobilen Suits aus dem Krieg, um sie zu verteidigen.

Während ihrer Reise treffen Garrod und Tiffa auf verschiedene Fraktionen und Überlebende, darunter die "Freeden", eine Gruppe von Widerstandskämpfern, die gegen die Unterdrückung durch die Frost Brothers kämpfen. Die Freeden werden von Jamil Neate angeführt, einem ehemaligen Kriegshelden, der seine eigenen traumatischen Erfahrungen aus dem 7. Raumkrieg mit sich trägt. Jamil erkennt das Potenzial von Garrod und Tiffa und schließt sich ihnen an, um eine größere Bedrohung zu bekämpfen: die Neue Vereinigte Nationen (NVN), eine Organisation, die versucht, die verbliebenen Newtypes und mobilen Suits zu kontrollieren, um ihre Macht zu festigen.

Im Laufe der Geschichte werden die Hintergründe des Krieges und die Rolle der Newtypes weiter erforscht. Tiffas Fähigkeiten spielen eine zentrale Rolle, da sie Visionen von der Vergangenheit und möglichen Zukunft hat, die oft Schlüssel zur Lösung von Konflikten liefern. Garrod entwickelt sich von einem egoistischen Söldner zu einem verantwortungsbewussten Kämpfer, der bereit ist, für diejenigen einzustehen, die er beschützt. Die Beziehung zwischen Garrod und Tiffa wird zunehmend von Vertrauen und gegenseitigem Respekt geprägt, während sie gemeinsam gegen die NVN und andere Bedrohungen kämpfen.

Die Handlung ist geprägt von intensiven Kämpfen, politischen Intrigen und moralischen Dilemmata, die die Charaktere vor schwierige Entscheidungen stellen. Die Welt von "After War Gundam X" ist düster und hoffnungsvoll zugleich, mit einem starken Fokus auf die Auswirkungen von Krieg und die Suche nach Frieden in einer zerstörten Welt. Die Charaktere müssen sich nicht nur mit äußeren Feinden auseinandersetzen, sondern auch mit ihren eigenen inneren Konflikten und der Frage, wie sie in einer Welt, die von Gewalt geprägt ist, Menschlichkeit bewahren können.