"Mobile Suit Gundam F91" spielt im Jahr UC 0123, 30 Jahre nach den Ereignissen des Ersten Gundam-Konflikts. Die Handlung konzentriert sich auf die Frontier Side, eine Gruppe von Raumkolonien, die von der Erde unabhängig sind. Die Kolonien werden von der mysteriösen Organisation Crossbone Vanguard angegriffen, die von der aristokratischen Familie Ronah angeführt wird. Die Ronahs streben nach einer Rückkehr zu einer feudalen Gesellschaftsordnung und sehen sich selbst als die natürlichen Herrscher der Menschheit.

Der Protagonist der Geschichte ist Seabook Arno, ein junger Student, der mit seiner Schwester und Freunden auf der Kolonie Frontier IV lebt. Als die Crossbone Vanguard die Kolonie angreift, wird Seabook in den Konflikt hineingezogen. Er übernimmt die Kontrolle über den Prototyp-Mobile Suit Gundam F91, der von seiner Mutter entwickelt wurde, um gegen die Angreifer zu kämpfen. Seabook schließt sich widerwillig der Widerstandsbewegung an, die versucht, die Kolonien zu verteidigen.

Während des Konflikts trifft Seabook auf Cecily Fairchild, eine junge Frau, die sich als Mitglied der Ronah-Familie entpuppt. Cecily, die eigentlich Berah Ronah heißt, steht im Zentrum der Machtkämpfe innerhalb der Crossbone Vanguard. Ihre Beziehung zu Seabook wird durch ihre Loyalität zu ihrer Familie und ihre wachsenden Gefühle für ihn erschwert. Die Handlung untersucht die moralischen Dilemmata, die sich aus den Konflikten zwischen persönlichen Bindungen und größeren politischen Zielen ergeben.

Die Crossbone Vanguard setzt fortschrittliche Technologie und Mobile Suits ein, darunter den Rafflesia, eine mächtige Waffe, die die Kolonien bedroht. Seabook und seine Verbündeten müssen nicht nur gegen die militärische Übermacht kämpfen, sondern auch die wahren Absichten der Ronah-Familie aufdecken. Die Geschichte gipfelt in einer entscheidenden Schlacht, in der Seabook und Cecily gezwungen sind, ihre Loyalitäten zu überdenken und die Zukunft der Frontier Side zu bestimmen.

Die Charaktere sind vielfältig und zeigen unterschiedliche Motivationen und Hintergründe. Neben Seabook und Cecily spielen Figuren wie die widerstandsfähige Pilotin Annamarie Bourget und der charismatische Anführer der Crossbone Vanguard, Carozzo Ronah, eine wichtige Rolle. Die Handlung verbindet persönliche Dramen mit größeren politischen und sozialen Konflikten, die für die Gundam-Reihe typisch sind.