"Mobile Suit Gundam Thunderbolt" spielt während des One Year War, einem Konflikt zwischen der Erde und den Raumkolonien, bekannt als der Krieg zwischen der Earth Federation und dem Principality of Zeon. Die Handlung konzentriert sich auf zwei Hauptfiguren: Io Fleming, einen talentierten, aber rücksichtslosen Piloten der Earth Federation, und Daryl Lorenz, einen erfahrenen Scharfschützen von Zeon, der nach einem Kampf seine Beine verloren hat und nun mit Prothesen und einem speziell angepassten Mobile Suit kämpft.

Die Geschichte beginnt in der "Thunderbolt Sector", einem gefährlichen Gebiet im Weltraum, das von elektromagnetischen Stürmen und Trümmern früherer Schlachten geprägt ist. Beide Seiten kämpfen um die Kontrolle über dieses strategisch wichtige Gebiet. Io Fleming wird als Teil der Moore Brotherhood, einer Einheit der Earth Federation, eingesetzt, um Zeons Vorstoß zu stoppen. Er fliegt den Gundam Full Armor, einen hochgerüsteten Mobile Suit, der für die rauen Bedingungen des Thunderbolt Sektors optimiert ist.

Daryl Lorenz, auf der anderen Seite, ist ein Mitglied der Living Dead Division, einer Einheit von Zeon, die aus Veteranen besteht, die im Krieg schwer verwundet wurden. Er nutzt den Zaku II High Mobility Type, der mit einem speziellen Scharfschützengewehr ausgestattet ist. Daryl ist ein ruhiger und entschlossener Soldat, der trotz seiner körperlichen Einschränkungen weiterhin für seine Überzeugungen kämpft.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe intensiver Gefechte zwischen den beiden Protagonisten, die trotz ihrer gegensätzlichen Loyalitäten eine gewisse gegenseitige Anerkennung entwickeln. Die Kämpfe sind geprägt von hoher Intensität und technischer Präzision, wobei beide Seiten versuchen, sich taktisch zu überbieten. Parallel dazu werden die persönlichen Motivationen und Hintergründe der Charaktere beleuchtet, insbesondere Daryls Anpassung an seine Prothesen und sein Kampf um Würde in einer Welt, die ihn als "lebenden Toten" betrachtet.

Der Konflikt eskaliert, als beide Seiten versuchen, die Kontrolle über eine strategisch wichtige Versorgungslinie zu erlangen. Die Handlung betont die Grausamkeit des Krieges und die menschlichen Kosten, die er mit sich bringt, ohne dabei eine Seite eindeutig zu bevorzugen. Die Charaktere werden in ihrer Komplexität dargestellt, wobei ihre Entscheidungen und Handlungen oft von persönlichem Leid und moralischen Dilemmata geprägt sind.

"Mobile Suit Gundam Thunderbolt" bietet eine dichte und actionreiche Erzählung, die sich auf die psychologischen und physischen Herausforderungen des Krieges konzentriert. Die Serie zeichnet sich durch ihre präzise Darstellung von Mobile Suit-Kämpfen und ihre tiefgründige Charakterentwicklung aus, die sowohl die Helden als auch die Antagonisten in einem realistischen Licht zeigt.