"Mobile Suit Gundam Seed Destiny Special Edition" ist eine OVA, die die Handlung der Fernsehserie "Mobile Suit Gundam Seed Destiny" in komprimierter Form neu erzählt. Die Geschichte spielt in der Cosmic Era, einer alternativen Zukunft, in der die Menschheit in zwei Hauptfraktionen gespalten ist: die Naturals, normale Menschen, und die Coordinators, genetisch verbesserte Menschen. Der Konflikt zwischen diesen Gruppen eskaliert erneut, nachdem eine fragile Friedensphase durch politische Spannungen und militärische Provokationen zerstört wird.

Die Handlung konzentriert sich auf Shinn Asuka, einen jungen Coordinator und Pilot des mobilen Rüstzeugs ZGMF-X56S Impulse Gundam. Shinn schließt sich der militärischen Organisation ZAFT an, um Rache für den Tod seiner Familie zu suchen, die während eines früheren Krieges ums Leben kam. Er wird in die Kämpfe zwischen ZAFT und der Allianz der Naturals hineingezogen, während sich die politische Lage weiter verschärft. Parallel dazu spielt Kira Yamato, der Protagonist aus "Mobile Suit Gundam Seed", eine zentrale Rolle. Kira, ein Coordinator und Pilot des Freedom Gundam, versucht, den Konflikt zu deeskalieren und unschuldige Leben zu schützen, was ihn in direkten Gegensatz zu Shinns Rachegelüsten bringt.

Die OVA beleuchtet auch die komplexen Beziehungen zwischen den Charakteren, darunter Athrun Zala, ein ehemaliger ZAFT-Pilot und Freund von Kira, der zwischen Loyalität und Moral hin- und hergerissen ist. Athrun spielt eine Schlüsselrolle bei der Vermittlung zwischen den Fraktionen und versucht, eine friedliche Lösung zu finden. Weitere wichtige Figuren sind Lacus Clyne, eine Friedensaktivistin und ehemalige Sängerin, die eine symbolische Rolle im Kampf für Harmonie einnimmt, sowie Cagalli Yula Athha, die politische Führerin der neutralen Nation Orb, die sich für die Unabhängigkeit ihres Landes einsetzt.

Die Handlung wird durch politische Intrigen, militärische Strategien und persönliche Konflikte vorangetrieben. Themen wie Rache, Vergebung, die Folgen von Krieg und die Suche nach Frieden sind zentral. Die OVA fasst die wichtigsten Ereignisse der Serie zusammen, darunter Schlachten wie die Zerstörung von Berlin, die Rückkehr von Kira Yamato und die Eskalation des Krieges bis hin zum finalen Showdown zwischen den Fraktionen. Die Charakterentwicklung bleibt ein zentraler Aspekt, wobei die inneren Kämpfe der Protagonisten und ihre moralischen Dilemmata im Vordergrund stehen.