"Mobile Suit Gundam Seed Re: (Manga)" ist eine Adaption der bekannten Anime-Serie "Mobile Suit Gundam Seed" und erzählt die Geschichte eines Konflikts zwischen zwei menschlichen Fraktionen: den Naturgeborenen (Naturals) und den genetisch verbesserten Koordinatoren (Coordinators). Die Handlung spielt in einer Zukunft, in der die Menschheit in den Weltraum expandiert hat und sich in Kolonien, sogenannte PLANTs, aufhält. Die Spannungen zwischen den Naturals und den Coordinators eskalieren zu einem Krieg, der als "Bloody Valentine War" bekannt wird.

Der Protagonist der Geschichte ist Kira Yamato, ein junger Coordinator, der auf der neutralen Kolonie Heliopolis lebt. Als die PLANTs unter der Führung der ZAFT-Streitkräfte Heliopolis angreifen, um fortschrittliche Mobile Suits, die Gundams, zu stehlen, wird Kira ungewollt in den Konflikt hineingezogen. Er übernimmt die Kontrolle über den Prototyp-Gundam "Strike", um seine Freunde und die Kolonie zu schützen. Dabei muss er sich mit seinem besten Freund Athrun Zala auseinandersetzen, der auf der Seite von ZAFT kämpft.

Die Handlung beleuchtet die moralischen Dilemmata des Krieges, die Auswirkungen von Vorurteilen und die Komplexität menschlicher Beziehungen. Kira steht im Mittelpunkt der Erzählung, während er versucht, seine Identität als Coordinator in einer Welt zu finden, die von Hass und Misstrauen geprägt ist. Gleichzeitig wird die Perspektive von Athrun Zala, einem Elite-Piloten von ZAFT, dargestellt, der zwischen seiner Loyalität zu seiner Fraktion und seiner Freundschaft zu Kira hin- und hergerissen ist.

Weitere wichtige Charaktere sind Lacus Clyne, eine friedensliebende Sängerin und Tochter eines einflussreichen PLANT-Politikers, sowie Cagalli Yula Athha, eine Naturale und Prinzessin des Königreichs Orb, die sich aktiv am Widerstand gegen ZAFT beteiligt. Die Beziehungen zwischen diesen Figuren sind zentral für die Entwicklung der Handlung und tragen zur emotionalen Tiefe der Geschichte bei.

Der Manga folgt eng den Ereignissen der Anime-Serie, wobei er bestimmte Aspekte der Charakterentwicklung und Hintergrundgeschichten vertieft. Die Handlung ist geprägt von intensiven Kampfszenen, politischen Intrigen und den persönlichen Konflikten der Protagonisten, die sich mit Themen wie Identität, Loyalität und den Konsequenzen des Krieges auseinandersetzen.