"Mobile Fighter G Gundam (Manga)" ist eine Adaption der gleichnamigen Anime-Serie und spielt in einem Universum, in dem Nationen ihre Konflikte nicht durch Kriege, sondern durch einen alle vier Jahre stattfindenden Gundam-Kampf, den "Gundam Fight", austragen. Jede Nation entsendet einen Kämpfer, der einen speziell entwickelten Gämpfer, einen Gundam, steuert. Der Sieger erhält die Kontrolle über die Erde und die Kolonien im Weltraum für die nächsten vier Jahre.

Die Handlung konzentriert sich auf Domon Kasshu, den Repräsentanten der Neo-Japan-Kolonie. Domon ist ein junger, talentierter Kämpfer, der nicht nur für den Sieg im Gundam Fight antritt, sondern auch auf der Suche nach seinem verschwundenen Bruder, Kyoji Kasshu, ist. Kyoji wurde beschuldigt, den ultimativen Gundam, den "Devil Gundam", gestohlen zu haben, eine gefährliche Waffe, die die Fähigkeit besitzt, sich selbst zu regenerieren und zu vervielfältigen. Domon wird von seinem Vater, Dr. Raizo Kasshu, beauftragt, Kyoji zu finden und den Devil Gundam zu zerstören, um die Ehre der Familie wiederherzustellen.

Während des Turniers trifft Domon auf eine Vielzahl von Konkurrenten, darunter Neo-Amerikas Chibodee Crocket, Neo-Englands Gentle Chapman, Neo-Frankreichs George de Sand und Neo-Chinas Sai Saici. Jeder dieser Kämpfer repräsentiert nicht nur sein Land, sondern bringt auch seine eigenen Motive und Hintergründe in den Wettbewerb ein. Domon entwickelt im Laufe der Zeit Respekt und Freundschaften mit einigen dieser Rivalen, obwohl sie zunächst als Gegner auftreten.

Ein zentrales Element der Geschichte ist die Beziehung zwischen Domon und Rain Mikamura, seiner Partnerin und Mechanikerin. Rain unterstützt Domon nicht nur technisch, sondern steht ihm auch emotional zur Seite. Ihre Beziehung entwickelt sich im Laufe der Serie von einer professionellen Zusammenarbeit zu einer tieferen Verbindung.

Der Höhepunkt der Handlung dreht sich um die Konfrontation mit dem Devil Gundam, der sich als weitaus bedrohlicher erweist als angenommen. Der Devil Gundam hat die Fähigkeit, lebende Organismen zu assimilieren und zu kontrollieren, was ihn zu einer existenziellen Bedrohung für die gesamte Menschheit macht. Domon muss nicht nur seine Kampffähigkeiten, sondern auch seinen Willen und seine Entschlossenheit unter Beweis stellen, um diese Gefahr zu besiegen und die Welt zu retten.

Die Serie verbindet Action, Drama und Science-Fiction-Elemente, während sie gleichzeitig Themen wie Ehre, Freundschaft und die Verantwortung gegenüber der Menschheit erforscht. Die Charakterentwicklung, insbesondere die von Domon, steht im Mittelpunkt, da er von einem ehrgeizigen Kämpfer zu einem verantwortungsbewussten Helden heranwächst.