"Mobile Suit Gundam Seed (Manga)" ist eine Adaption der gleichnamigen Anime-Serie und spielt in der Cosmic Era, einer alternativen Zukunft der Menschheit. Die Handlung konzentriert sich auf den Konflikt zwischen den Naturmenschen (Naturals) und den genetisch verbesserten Coordinators. Die Erde und ihre Kolonien sind in zwei Fraktionen gespalten: die Erde-Allianz, die von den Naturals dominiert wird, und die PLANTs, eine Gruppe von Raumkolonien, die von den Coordinators kontrolliert werden.

Der Protagonist, Kira Yamato, ist ein junger Coordinator, der auf der neutralen Kolonie Heliopolis lebt. Als die Erde-Allianz einen Angriff auf Heliopolis startet, um die neu entwickelten mobilen Suits, die Gundams, zu stehlen, wird Kira in den Konflikt hineingezogen. Er übernimmt die Kontrolle über den Gundam Strike, um seine Freunde und die Kolonie zu schützen. Dabei trifft er auf seinen ehemaligen Freund Athrun Zala, der nun als Pilot für die PLANTs kämpft. Die Freundschaft der beiden wird durch den Krieg auf eine harte Probe gestellt.

Die Handlung verfolgt Kira und seine Freunde, die sich der Crew des Raumschiffs Archangel anschließen, einem Schiff der Erde-Allianz, das von der Offizierin Murrue Ramiris kommandiert wird. Zusammen versuchen sie, den Krieg zu überleben und eine Lösung für den Konflikt zu finden. Dabei werden sie mit moralischen Dilemmata, politischen Intrigen und den verheerenden Auswirkungen des Krieges konfrontiert.

Wichtige Charaktere neben Kira und Athrun sind Lacus Clyne, eine Sängerin und Friedensaktivistin, die eine Schlüsselrolle im Konflikt spielt, und Cagalli Yula Athha, eine Prinzessin des neutralen Königreichs Orb, die sich ebenfalls in den Kampf gegen den Krieg einmischt. Die Beziehungen zwischen den Charakteren sind komplex und werden durch ihre Loyalitäten und persönlichen Überzeugungen geprägt.

Der Manga behandelt Themen wie genetische Manipulation, die Ethik des Krieges und die Suche nach Frieden in einer zutiefst gespaltenen Welt. Die Handlung bleibt eng an die Ereignisse des Anime angelehnt, bietet jedoch eine komprimierte Darstellung der Geschichte mit einem Fokus auf die emotionalen und zwischenmenschlichen Aspekte der Charaktere.