"Mobile Suit Gundam Seed Destiny" ist eine Fortsetzung der Anime- und Manga-Serie "Mobile Suit Gundam Seed" und spielt in derselben universellen Zeitleiste, dem sogenannten Cosmic Era. Die Handlung beginnt zwei Jahre nach dem Ende des vorherigen Konflikts zwischen der Erde und den PLANTs, den orbitalen Kolonien, die von Coordinators, genetisch verbesserten Menschen, bewohnt werden. Die Erde wird von der Allianz regiert, während die PLANTs von der ZAFT-Militärregierung kontrolliert werden. Trotz des vorübergehenden Friedens schwelt der Konflikt zwischen Naturmenschen (Naturals) und Coordinators weiter.

Die Geschichte konzentriert sich auf Shinn Asuka, einen jungen ZAFT-Pilot, der durch den Verlust seiner Familie während des vorherigen Krieges tief traumatisiert ist. Shinn wird zum Piloten des neuen Prototyp-Mobile Suits, dem ZGMF-X56S Impulse Gundam, und kämpft für ZAFT, um die PLANTs zu schützen. Seine Motivation ist stark von Rachegefühlen gegenüber der Erde und den Naturmenschen geprägt. Im Verlauf der Serie wird Shinns Entwicklung von einem impulsiven, emotionalen Jugendlichen zu einem entscheidenden Akteur im Konflikt gezeigt.

Parallel dazu kehren Charaktere aus "Mobile Suit Gundam Seed" zurück, darunter Kira Yamato und Athrun Zala. Kira, der Protagonist der Vorgängerserie, lebt nun ein friedliches Leben auf der neutralen Kolonie Orb, wird jedoch erneut in den Konflikt hineingezogen, als die Feindseligkeiten eskalieren. Athrun, ein ehemaliger ZAFT-Pilot, schließt sich zunächst Shinn an, stellt jedoch später seine Loyalität infrage, als er die wahren Absichten der Kriegstreiber erkennt.

Die Handlung wird durch politische Intrigen und Machtkämpfe vorangetrieben. Gilbert Durandal, der Vorsitzende der PLANTs, spielt eine zentrale Rolle. Er präsentiert sich als Friedensstifter, verfolgt jedoch eine verdeckte Agenda, die auf die Schaffung einer neuen Weltordnung abzielt. Durandals Pläne beinhalten den Einsatz fortschrittlicher Technologie und die Kontrolle über die Destiny-Plan-Initiative, ein Programm zur Vorhersage und Manipulation menschlicher Schicksale.

Der Konflikt eskaliert, als die Erde und ZAFT erneut in einen offenen Krieg geraten. Die Minerva, ein ZAFT-Schiff, auf dem Shinn und Athrun dienen, wird zu einem zentralen Schauplatz der Kämpfe. Die Serie zeigt zahlreiche Schlachten zwischen Mobile Suits, darunter die legendären Gundams, die mit fortschrittlicher Technologie ausgestattet sind. Die Kämpfe sind geprägt von strategischen Manövern und persönlichen Konfrontationen zwischen den Charakteren.

Im Laufe der Serie werden die moralischen Grauzonen des Krieges thematisiert, insbesondere die Frage, ob Gewalt gerechtfertigt ist, um Frieden zu erreichen. Die Charaktere stehen vor schwierigen Entscheidungen, die ihre Loyalitäten und Überzeugungen auf die Probe stellen. Die Handlung gipfelt in einem finalen Konflikt, in dem die wahren Absichten der Machthaber aufgedeckt werden und die Protagonisten gezwungen sind, Stellung zu beziehen.

"Mobile Suit Gundam Seed Destiny" verbindet actionreiche Kampfszenen mit einer komplexen, politisch geprägten Handlung und tiefergehenden Charakterstudien. Die Serie setzt die Themen ihrer Vorgängerin fort und erweitert sie um neue Konflikte und Perspektiven, wobei sie die Spannungen zwischen Naturmenschen und Coordinators weiter erforscht.